编者按：近期，益海嘉里金龙鱼食品集团股份有限公司在其对外披露的二〇二五年相关财务报告与业绩快报中，详细载明了其下属子公司东莞市富之源饲料蛋白开发有限公司（以下简称“富之源”）所面临的一起重大税务行政诉讼案件。该纳税争议的核心在于企业和税务机关对于过去十年间对免税项目增值税不得抵扣进项税额的计算标准存在分歧，税务机关要求企业进行巨额的进项税额转出，并补缴相应的税款与滞纳金。

此案件不仅直接影响了上市公司的当期净利润，也充分暴露了大型生产制造企业在兼营应税与免税项目时，所面临的进项税额精细化核算难题与长周期税务风险。本文旨在对该纳税争议案件的基本事实与程序进展进行梳理，剖析税企双方在进项税额转出规则适用上的核心法理分歧，并在此基础上，为企业构建严密的税务合规体系、应对复杂的税务稽查与行政诉讼提供规范性的实务参考与启示。

一、金龙鱼下属企业纳税争议案件的基本事实与程序状态

（一）涉案主体与纳税争议的客观事实认定

在企业公开披露的文件中，涉案主体为富之源，系益海嘉里金龙鱼食品集团股份有限公司的下属子公司。作出税务处理决定的行政机关为国家税务总局东莞市税务局洪梅税务分局。该税务机关在税务检查程序结束后，向涉案企业下发了税务处理决定书。该文书认定的核心事实是，企业在特定期间内对免税项目增值税不得抵扣进项税额的计算存在不准确的情形，客观上造成了少计增值税不得抵扣进项税额，以及多办理增值税退税的结果。

该纳税争议所涵盖的时间跨度极长，具体期间被认定为2012年7月1日至2022年6月30日，前后长达整整十年。在涉案金额方面，税务机关要求涉案企业将人民币三点九三亿元的进项税额进行转出处理，同时还要求根据相关通知书的规定，将另外计算的不可抵扣进项税额人民币7900万余元一并作进项转出。巨额的进项税额转出直接转化为企业需要向税务机关补缴的增值税本金，构成了此次纳税争议的实体基础。

由于涉案时间长、本金基数大，该案件客观上对企业的财务状况产生了显著影响。根据企业会计准则中关于预计负债的计提要求，企业在二〇二五年基于谨慎性原则，对该起尚未最终结案的税务诉讼计提了相应的预计负债损失。这一会计处理客观上导致上市公司2025年度净利润减少了约人民币4.72亿元。

（二）税务行政复议前置程序的履行与资金约束

在我国现行的税收征收管理法律体系中，纳税人与税务机关因纳税数额、税收优惠适用等实体定性问题发生争议时，必须遵循行政复议前置原则。即纳税人必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金，或者提供相应的担保，方可依法申请税务行政复议。在对行政复议决定不服的情况下，纳税人才有权向人民法院提起行政诉讼。

在本案中，涉案企业为获取后续的行政救济途径，依法履行了复议前置的法定条件。根据披露信息，为提起行政复议，企业已向税务机关缴纳税款及滞纳金共计人民币1.21亿元，并在财务报表中将其计入其他流动资产科目。这一程序的履行，客观上要求企业在短期内调集巨额的现金流。对于一般的实体企业而言，上亿元规模的资金流出，必然会对企业的日常营运资金周转与资金规划产生实质性的约束与压力。复议前置程序的严格执行，也体现了税收征管法保障国家税收收入安全、维护税收征管秩序的立法初衷。

（三）税务行政诉讼的一审判决与后续程序展望

在经历税务行政复议程序后，涉案企业依法向所在地的人民法院提起了税务行政诉讼。2025年6月24日，涉案企业收到广东省东莞市第一人民法院作出的一审行政判决书，判决驳回了涉案企业的全部诉讼请求。涉案企业依法向中级人民法院提起了上诉程序。目前，该案件正处于二审审理阶段，一审判决依法尚未发生法律效力。

二、免税项目进项税额转出的核心争议与案件复杂性剖析

（一）增值税进项税额抵扣与分摊规则的争议

增值税的计税原理建立在多环节征收与进项税额抵扣的链条机制之上。纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产或不动产，用于产生应税销售额的，其所支付的进项税额准予从销项税额中抵扣。然而，为了保持税收链条的逻辑一致性，税法规定，纳税人将购进的项目用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。已经抵扣的，必须依法作进项税额转出处理。

但是在部分企业的实际生产经营中，购进的原材料、机器设备、动力消耗等进项成本，往往难以清晰地在应税项目与免税项目之间进行物理上的绝对隔离。当企业同时经营应税项目与免税项目，且存在无法划分的进项税额时，税法规定必须采用特定的分摊公式计算不得抵扣的进项税额。通用的法定分摊公式是以当期简易计税方法计税项目销售额、免征增值税项目销售额占当期全部销售额的比例，乘以当期无法划分的全部进项税额。

该案件的核心分歧可能聚焦于不可划分进项税额的归集范围以及分摊比例的计算基数。企业在进行内部财务核算时，基于商业管理逻辑与成本动因分析，可能采用特定的会计估计方法，将部分进项税额直接归属于应税项目，从而减少了需要参与分摊的共同进项税额总盘。而税务机关在实施税务稽查时，倾向于严格依据现行税收规范性文件的文义解释，扩大不可划分进项税额的认定范围，并严格套用基于销售额比例的分摊公式，从而计算出数额更为庞大的应转出进项税额。

（二）长达十年的纳税争议期间与追征期法律适用难题

该案件所涉纳税期间长达十年。根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求其补缴；因纳税人计算错误等失误造成未缴或者少缴税款的，追征期通常为三年，在累计数额超过十万元等特殊情况下可以延长至五年。

在此法定追征期框架下，税务机关对企业实施跨度十年的追缴行为，必然涉及对违法行为性质的严格法律界定。税法明确规定，只有对于偷税、抗税、骗税的行为，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，才不受前述三年或五年期限的限制。本案中税务机关能够对十年前的纳税申报情况进行定性与追征，客观上反映出税务机关对企业长期采用的分摊计算方法的合法性持彻底否定的立场。

长周期的追征不仅大幅增加了补缴税款的本金基数，更导致了滞纳金的惊人累积。税收征管法规定，纳税人未按规定期限缴纳税款的，税务机关从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。对于发生于数年前的少缴税款，经过漫长的时间累计计算，其滞纳金总额往往会接近甚至超过税款本金。

（三）农产品深加工行业的商业实质与税法规范冲突

涉案企业富之源的主营业务涉及饲料蛋白的开发与生产，属于典型的农产品深加工行业。在我国的增值税优惠政策体系中，为扶持农业发展，对单一下游产品如特定饲料的生产与销售，往往给予免征增值税的税收优惠。同时，企业在加工过程中产生的其他副产品，如食用植物油或工业用油脂等，则属于标准的增值税应税项目。

这种典型的兼营业务模式在实际生产流程中面临着难以逾越的进项归集障碍。菜籽等农产品作为初始原材料进入压榨生产线后，经过统一的破碎、浸出、分离等物理与化学工艺，同时产出免税的菜籽粕与应税的菜籽油。在此过程中所消耗的水电动力、机器设备的折旧维修以及车间管理费用，在客观上完全融合于一体，不存在物理拆分的可能。

企业在面对这种高度重合的生产成本时，其内部成本分摊依据往往立足于各种产出物的重量比例、市场价值比例或工艺投入比例。然而，税务行政执法强调规则的统一性与确定性，税务机关主张严格按照最终销售收入的比例进行法定分摊。由于农产品市场价格波动频繁，免税饲料与应税油脂的价格走势常常出现背离，导致按照销售额比例计算出的不可抵扣进项税额与企业基于生产物理耗用的核算结果产生长期、系统性的偏差。商业实质的复杂性与税法规范适用的刚性之间，构成了该类税务争议反复出现的深层行业背景。

三、该纳税争议案件对大型企业的税务合规启示

（一）兼营业务进项税额核算的精细化管理与直接归集策略

大型企业在处理兼营免税与应税项目时，必须从根本上提升税务核算的精细化管理水平。企业应当摒弃粗放式的整体分摊做法，在前端采购、入库领用以及生产车间管理环节，建立起严格的台账隔离制度。对于能够明确证明专门用于应税项目的原材料、固定资产或者无形资产，必须在财务信息系统中设置独立的归集代码，确保其进项税额得到全额、合法的抵扣。

进项税额的直接归集优先于比例分摊，这是税法适用的基本逻辑。企业应当通过优化内部管理流程，运用信息化技术手段，尽可能扩大能够准确划分的进项税额范围。例如，通过在不同生产线分别安装独立的计量电表、水表，将公共动力消耗转化为可直接归属的专项消耗。在日常财务核算中，企业必须保存完整的领料单、工时记录、能耗明细等原始凭证，构建严密的证据链条，以备在税务稽查时能够充分证明进项税额直接归集的客观真实性。

对于客观上确实无法划分的共同进项税额，企业在适用销售额比例分摊公式时，必须保持计算口径的跨期一致性与合规性。在涉及免税项目备案与分摊比例计算时，财务部门应定期与主管税务机关进行专项沟通，确认当前采用的计算模型是否符合税务机关的监管口径。避免因单方面运用会计职业判断而偏离税法规定，从而防范因分摊基数错误导致的规模性进项税额转出风险。

（二）跨周期长效税务风险的定期排查与及时阻断机制

长达十年的税务争议期间为所有企业敲响了警钟，静态的合规现状并不代表历史税务处理的绝对安全。企业过去的纳税申报即使在历年的常规税务评定中未被提出异议，也不构成税务机关对其合法性的实质性背书。随着税务稽查手段的信息化升级以及税收大数据比对技术的全面应用，企业长期掩盖或未被发现的系统性计算偏差，随时面临被整体清算的风险。

企业应当建立常态化的税务风险定期排查机制。对于涉及进项税额转出、关联交易定价、税收优惠资质认定等高风险、高复杂度的涉税事项，企业不应完全依赖内部财务团队的自我审核。引入外部专业的税务律师或独立税务咨询机构，定期开展深度的税务健康检查，对企业的纳税申报逻辑与税法适用依据进行第三方的专业复核，是发现并解决潜伏性税务风险的有效手段。

一旦在自查中发现历史纳税处理存在涉税风险，企业应当建立迅速的风险阻断机制。通过主动向税务机关说明情况、提交补充申报并自查补缴相应税款，企业可以有效截断滞纳金的持续累积计算过程。主动消除税务违法状态，符合行政处罚法中的从轻或减轻处罚规定，能够在最大程度上降低税务稽查带来的财务损失与声誉风险，避免风险敞口无限期扩大。

（三）应对重大涉税争议的法律与财务统筹应对体系

在面对已经实质性爆发的重大税务行政争议时，企业必须摒弃单一的财务应对思维，构建由财务、法务、税务外部专家以及高级管理层共同参与的统筹应对体系。税务争议不仅涉及会计账务的处理与税务数字的核算，其本质是对税收法律文本的解释权与行政执法合法性的抗辩。专业的税务律师在行政复议与诉讼阶段的介入，能够从行政处罚程序的合法性、税法条款适用的准确性以及证据规则的严密性等维度，为企业构建具有法律效力的防御策略。

行政救济程序中的资金统筹同样不可忽视。复议前置程序的法定要求，决定了企业必须具备应对突发性大额税务补缴的现金流准备。企业的资金调度中心应当将重大税务争议案件的资金冻结或缴纳需求纳入压力测试模型，确保在依法申请行政救济时，不会因无法缴纳税款或提供担保而丧失法律救济权利。这也是企业全面风险管理体系的重要组成部分。