编者按：2026年9月20日，国家税务总局发布首批农村中小银行改革税务合规典型案例，甘肃、新疆、内蒙古三家省级农商行的实践做法集中亮相。在“一省一策”深入推进中小银行改革化险的背景下，从分散的农信社、村镇银行整合为省级统一法人农商行，涉及产权制度、公司治理、风险管控的全面重塑，也带来涉税业务的一次集中检验。本文结合财政部、税务总局近年陆续出台的银行业重组税收优惠政策及行业改革实践，梳理农村中小银行改革中常见涉税风险，剖析风险成因，并提出合规建议，供相关主体参考借鉴。

一、改革大势与配套税收政策框架

近年来，按照党中央、国务院关于深入推进中小金融机构减量提质的部署，农村中小银行改革明显提速。国家金融监督管理总局数据显示，截至2025年6月末，村镇银行数量已降至1440家，较2024年末减少98家；截至2025年末，全国农村中小银行法人机构由上年末的3603家进一步缩减至2933家，净减少670家。辽宁、山西、浙江、四川、广西、海南、河南、江苏、江西、内蒙古、吉林、贵州、新疆等省份先后完成省级农商银行或农商联合银行的组建，甘肃农商行也于2026年3月20日正式挂牌。改革主要采取分类施治策略：村镇银行以主发起行吸收合并为主，即通常所说的村改支、村改分；农信社系统则通过组建省级农商联合银行或省级农商行实现整合。与之对应，配套税收政策已形成较为完整的支持框架：

一是重组改制税收优惠。根据《财政部 税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的公告》（2023年第51号）、《关于继续实施企业、事业单位改制重组有关契税政策的公告》（2023年第49号），企业按《公司法》整体改制、合并、分立、以房地产作价入股投资等情形，原企业土地、房屋权属转移可暂不征收土地增值税、免征契税，执行期限延续至2027年12月31日。

二是不良债权以物抵债税收优惠。根据《财政部 税务总局关于继续实施银行业金融机构、金融资产管理公司不良债权以物抵债有关税收政策的公告》（财政部 税务总局公告2023年第35号），银行业金融机构接收抵债资产免征契税；接收、处置抵债资产涉及的合同、产权转移书据和营业账簿免征印花税；处置抵债不动产可选择差额方式按9%税率计缴增值税；各地可对持有的抵债不动产减免房产税、城镇土地使用税。农村信用社、村镇银行均属适用主体。

三是农村金融基础优惠。根据《财政部 税务总局关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（财政部 税务总局公告2026年第10号），依据有关法律、法规批准设立的农村信用社、村镇银行、农村资金互助社，以及法人机构在县（市、区、旗）及县以下地区的农村合作银行和农村商业银行提供金融服务，可选择适用简易计税方法按3%征收率缴纳增值税。金融机构向农户发放的小额贷款利息收入免征增值税。

四是企业所得税特殊性税务处理。符合条件的企业合并、分立、股权收购、资产收购可适用特殊性税务处理，递延纳税。

诸如此类税收优惠虽多，但适用条件复杂、主体边界清晰、程序要求严格，与农村中小银行整合主体多、覆盖范围广、经营历史跨度长的实际叠加，一旦理解偏差或操作失当，极易触发涉税风险。

二、改革化险中的常见涉税风险

结合基层税务机关核查案例及三家省级农商行公开实践，涉税风险主要集中在以下五个方面：

（一）自然人股东退股、转股的个人所得税风险

改革必然伴随大量自然人股东的身份资格丧失或股权重组，尤其是中老股东出资凭证缺失、农信社早期名股实债等情况较为普遍。根据相关税法规定，自然人股东退股、转股应按财产转让所得适用20%税率缴纳个人所得税，由受让方或合并方代扣代缴。

在自然人股东退股或股权处置过程中，常见风险主要包括：一是股权原值认定不清，计税基础虚高或虚低；二是股权转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关可依《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）核定股权转让收入；三是受让方未履行扣缴义务，或合并方未在股权变更后及时组织变更登记。本次总局公布的典型案例中，个人股东退股、转股事项多为机构主动对接税务部门的重点。

（二）跨机构资产划转的增值税、契税与土地增值税风险

改革中常涉及原农信社固定资产、经营性房产、土地使用权在不同法人之间的吸收合并、划转，此间存在大量税收优惠政策，但也潜藏着税务合规风险。例如，根据《财政部 税务总局关于增值税进项税额抵扣等有关事项的公告》（财政部 税务总局公告2026年第13号），纳税人通过合并、分立等方式实施资产重组，将资产与相关联的债权、负债、员工组成资产包一并转让且具有合理商业目的的，相关资产转让不征收增值税；因实施资产重组被合并并办理注销税务登记的，注销登记前尚未抵扣的进项税额可以由合并后的纳税人继续抵扣。若不符合上述资产重组条件，相关资产转让须按规定缴纳增值税，留抵税额亦无法继续抵扣。又如，根据2023年第51号公告，土地增值税对房地产转移暂不征收的优惠，不适用于任意一方为房地产开发企业的情形。再如，根据2023年第49号公告，契税对原企业投资主体存续且改制后持股比例超过75%的整体改制才可免征。若原投资主体发生重大变动、事业单位改制中持股比例低于50%，则不能享受免税。

（三）房产税、城镇土地使用税前后衔接风险

农村中小银行营业网点遍布县及县以下地区，改革后法人主体发生变化，新营业主体、网点的房产是否仍由原主体承担纳税义务、纳税主体是否及时变更登记，是改革后需要主动对接的重点。其中的主要问题在于，一方面，原持有主体注销后未及时变更纳税主体，则资产游离于原机构之外；另一方面，新主体未到当地主管税务机关主动对接的话，是否仍将持有主体继续作为征管对象。

（四）增值税留抵税额与进项税额抵扣风险

部分农信社、农商行因大型固定资产购置、信息化建设投入形成较大留抵税额。吸收合并或注销时，若不符合《财政部 税务总局关于增值税进项税额抵扣等有关事项的公告》（财政部 税务总局公告2026年第13号）规定的资产重组条件，如未将资产与相关联的债权、负债、员工共同组成资产包一并转让等，相关资产转让须按规定缴纳增值税，被合并方注销前的留抵税额也无法由合并后纳税人继续抵扣，可能面临留抵税额沉睡或损失。

（五）税收优惠适用错位与跨区域政策执行差异风险

从本次公布的典型案例中不难看出，改革中存在跨区域政策执行差异的难题。农村中小银行分支机构分布在多个省、市、县区，各基层税务机关对税收优惠的适用口径把握不尽相同，由此就容易在执行侧面产生涉税风险。一是未单独核算符合免税条件的小额贷款利息收入，导致原本可享受免税的利息收入一并申报纳税；二是县及县以下地区判断不准确，县（市、区、旗）及县以下不包括直辖市和地级市所辖区；三是西部大开发所得税优惠、高新技术企业优惠等区域性税收优惠在跨区域合并中适用主体错位。此外，原各机构长期独立核算、计税口径不统一，导致改制后报表、申报数据衔接不畅，也是机构改制需要攻克的重大涉税难点。

三、典型案例经验启示与税务合规建议

三家机构的共同经验可以概括为四点：一是早介入，税务合规在改革方案设计阶段就嵌入；二是多部门协同，财务、税务、法务、业务一盘棋，必要时引入税务师事务所等第三方专业力量；三是主动对接税务机关，将事前会商、事中管控、事后核验机制化；四是统一执行口径，通过统一业务模板和财务核算口径化解跨区域政策差异。针对上述提及的五类风险，结合三家典型案例实践，提出如下建议：

（一）建立改革未动、合规先行工作机制在改革方案制定初期即成立由总行行长任组长、律师、税务师参与的税务合规管理专班，将税务合规纳入改革总体方案，避免业务跑在合规前面、风险暴露在后面。（二）主动对接各级主管税务机关改革涉及多家主管税务机关，要主动对接省、市、县三级税务机关，取得对税收政策适用口径、合并分立、特殊税务处理、留抵税额转移、税收优惠适用、纳税主体变更等重大事项的书面确认或会商意见。书面确认是防范风险、便于后续汇算清缴的关键。（三）全面开展清产核资与税务尽职调查在改革基准日对原各机构的资产、债权、债务、税务事项、税收优惠资格、税务稽查、税务行政处罚、未决争议等进行全面清查，编制税务尽职调查报告，逐项制定应对方案，对历史风险作出处理安排，避免带病带入新机构。（四）统一业务模板与执行口径对自然人股东股权处置、资产划转、增值税留抵税额转移、税收优惠适用、纳税申报、合并抵销等事项制定统一业务模板和财务核算指南，切实加强对下属分支机构的业务指导与培训，避免下级机构执行口径不一导致风险叠加。（五）逐项落实税收优惠在改革方案中单独设置税收优惠落实专章，逐项梳理原机构在增值税、农户贷款免征、企业所得税优惠、不良债权以物抵债税收优惠、改制重组税收优惠等方面的适用情况，对未单独核算、报表不一致、接收不及时等可能导致优惠失效的事项制定补充措施。（六）规范自然人股东股权处置个税扣缴严格按规定履行股权转让、减资退股的扣缴义务，对股权原值不清的引导股东完善资料；对股权转让价格明显偏低的，应由评估机构出具资产价值证明，避免后续被主管税务机关调整。（七）搭建常态化税务风险内控机制在改革完成后及时搭建数据衔接完整、合并报表规范、报表格式一致的合规体系，建立改革后的常态化税务风险内控机制，将风险防范纳入日常经营管理。

结语

农村中小银行改革是金融供给侧结构性改革的重要一环，税务合规是这场改革不可或缺的稳定器。甘肃、新疆、内蒙古三家农商行的实践证明，唯有将税务合规贯穿改革始终，才能实现改革化险与合规经营的双赢。随着“一省一策”改革的深入推进，更多农村中小银行将进入改革深水区，对配套税收政策的需求也将更加精准与多元。期待税务部门与农村中小银行同向发力，持续优化税收政策供给与合规指引，让改革为乡村振兴注入源源不断的金融活水。